Journal of the American Chemical Society
REFERENCES
ARTICLE
’
(36) Han, H. L.; Xia, Y.; McLuckey, S. A. J. Proteome Res. 2007,
, 3062–3069.
6
2
(
1) Zubarev, R. A.; Kelleher, N. L.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem.
Soc. 1998, 120, 3265–3266.
2) Syka, J. E. P.; Coon, J. J.; Schroeder, M. J.; Shabanowitz, J.; Hunt,
D. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 9528–9533.
3) Zubarev, R. A.; Kruger, N. A.; Fridriksson, E. K.; Lewis, M. A.;
Horn, D. M.; Carpenter, B. K.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1999,
(
37) Chung, T. W.; Turecek, F. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2010,
1, 1279–1295.
38) Tsybin, Y. O.; He, H.; Emmett, M. R.; Hendrickson, C. L.;
Marshall, A. G. Anal. Chem. 2007, 79, 7596–7602.
39) Ben Hamidane, H.; Chiappe, D.; Hartmer, R.; Vorobyev, A.;
Moniatte, M.; Tsybin, Y. O. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2009,
20, 567–575.
(40) Savitski, M. M.; Kjeldsen, F.; Nielsen, M. L.; Zubarev, R. A. J.
Am. Soc. Mass Spectrom. 2007, 18, 113–120.
(
(
(
(
1
21, 2857–2862.
4) Guan, Z. Q.; Kelleher, N. L.; OConnor, P. B.; Aaserud, D. J.;
Little, D. P.; McLafferty, F. W. Int. J. Mass Spectrom. 1996, 158, 357–364.
5) Zubarev, R. A.; Horn, D. M.; Fridriksson, E. K.; Kelleher, N. L.;
(
(
(41) Sun, Q. Y.; Nelson, H.; Ly, T.; Stoltz, B. M.; Julian, R. R. J.
Proteome Res. 2009, 8, 958–966.
Kruger, N. A.; Lewis, M. A.; Carpenter, B. K.; McLafferty, F. W. Anal.
Chem. 2000, 72, 563–573.
(42) Moore, B. N.; Blanksby, S. J.; Julian, R. R. Chem. Commun.
2009, 33, 5015–5017.
(6) Kelleher, R. L.; Zubarev, R. A.; Bush, K.; Furie, B.; Furie, B. C.;
McLafferty, F. W.; Walsh, C. T. Anal. Chem. 1999, 71, 4250–4253.
(43) Ly, T.; Julian, R. R. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2009, 20,
1148–1158.
(44) Turecek, F.; Syrstad, E. A. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125,
(
(
(
7) Annan, R. S.; Carr, S. A. J. Protein Chem. 1997, 16, 391–402.
8) Zubarev, R. Expert Rev. Proteomics 2006, 3, 251–261.
9) Swaney, D. L.; McAlister, G. C.; Coon, J. J. Nat. Methods 2008,
3353–3369.
5
, 959–964.
10) Sohn, C. H.; Chung, C. K.; Yin, S.; Ramachandran, P.; Loo,
J. A.; Beauchamp, J. L. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 5444–5459.
11) Anusiewicz, W.; Berdys-Kochanska, J.; Simons, J. J. Phys. Chem.
A 2005, 109, 5801–5813.
(45) Ly, T.; Julian, R. R. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 8602–8609.
(46) Syrstad, E. A.; Turecek, F. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2005,
16, 208–224.
(47) Sobczyk, M.; Anusiewicz, W.; Berdys-Kochanska, J.; Sawicka,
A.; Skurski, P.; Simons, J. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 250–258.
(48) Regoeczi, E. Iodine-labeled Plasma Proteins; CRC Press: Boca
Raton, FL, 1984.
(
(
(
12) Pouthier, V.; Tsybin, Y. O. J. Chem. Phys. 2008, 129 (9), 095106.
13) Breuker, K.; Oh, H. B.; Lin, C.; Carpenter, B. K.; McLafferty,
(
F. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 14011–14016.
(49) Chan, W. C.; White, P. D. Fmoc Solid Phase Peptide Synthesis: A
Practical Approach; Oxford University Press: New York, 2004.
(50) Sechi, S.; Chait, B. T. Anal. Chem. 1998, 70, 5150–5158.
(51) Klemm, C.; Schroder, S.; Gluckmann, M.; Beyermann, M.;
Krause, E. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2004, 18, 2697–2705.
(52) Tam, J. P.; Wu, C. R.; Liu, W.; Zhang, J. W. J. Am. Chem. Soc.
1991, 113, 6657–6662.
(14) Turecek, F. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 5954–5963.
(15) Zubarev, R. A.; Haselmann, K. F.; Budnik, B.; Kjeldsen, F.;
Jensen, F. Eur. J. Mass Spectrom. 2002, 8, 337–349.
16) Savitski, M. M.; Nielsen, M. L.; Zubarev, R. A. Anal. Chem.
007, 79, 2296–2302.
17) Falth, M.; Savitski, M. M.; Nielsen, M. L.; Kjeldsen, F.; Andren,
P. E.; Zubarev, R. A. Anal. Chem. 2008, 80, 8089–8094.
18) Cooper, H. J.; Hudgins, R. R.; Hakansson, K.; Marshall, A. G. J.
Am. Soc. Mass Spectrom. 2002, 13, 241–249.
19) Laskin, J.; Yang, Z. B.; Lam, C.; Chu, I. K. Anal. Chem. 2007,
9, 6607–6614.
20) Leymarie, N.; Costello, C. E.; O’Connor, P. B. J. Am. Chem. Soc.
003, 125, 8949–8958.
21) Li, X. J.; Cournoyer, J. J.; Lin, C.; O’Connor, P. B. J. Am. Soc.
Mass Spectrom. 2008, 19, 1514–1526.
22) Chung, T. W.; Turecek, F. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2010, 21
8), 1279–1295.
(
2
(
(53) Frisch, M. J.; Gaussian 03, Revision D.01; Gaussian, Inc.,
Wallingford, CT, 2004.
(
(54) Rauk, A.; Yu, D.; Taylor, J.; Shustov, G. V.; Block, D. A.;
Armstrong, D. A. Biochemistry 1999, 38, 9089–9096.
(55) Peng, C. Y.; Schlegel, H. B. Isr. J. Chem. 1993, 33, 449–454.
(56) Viehe, H. G.; Janousek, Z.; Merenyi, R.; Stella, L. Acc. Chem. Res.
1985, 18, 148–154.
(57) Hopkinson, A. C. Mass Spectrom. Rev. 2009, 28, 655–671.
(58) Sohn, C. H.; Kim, T.-Y.; Beauchamp, J. L. . Conference on Ion
Chemistry and Mass Spectrometry, Lake Arrowhead, CA, Jan 14ꢀ16, 2011.
(59) Panja, S.; Nielsen, S. B.; Hvelplund, P.; Turecek, F. J. Am. Soc.
Mass Spectrom. 2008, 19, 1726–1742.
(
7
(
2
(
(
(
(23) Ly, T.; Julian, R. R. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 351–358.
(24) Diedrich, J. K.; Julian, R. R. Anal. Chem. 2010, 82, 4006–4014.
(25) Reed, D. R.; Hare, M.; Kass, S. R. J. Am. Chem. Soc. 2000,
(60) Chung, T. W.; Turecek, F. Int. J. Mass Spectrom. 2011, 301
(1ꢀ3), 55–61.
1
22, 10689–10696.
26) Budnik, B. A.; Haselmann, K. F.; Zubarev, R. A. Chem. Phys.
Lett. 2001, 342, 299–302.
27) Anusiewicz, I.; Jasionowski, M.; Skurski, P.; Simons, J. J. Phys.
Chem. A 2005, 109, 11332–11337.
28) Ly, T.; Yin, S.; Loo, J. A.; Julian, R. R. Rapid Commun. Mass
Spectrom. 2009, 23, 2099–2101.
29) Hao, G.; Gross, S. S. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2006,
7, 1725–1730.
30) Masterson, D. S.; Yin, H. Y.; Chacon, A.; Hachey, D. L.; Norris,
J. L.; Porter, N. A. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 720–721.
31) Hodyss, R.; Cox, H. A.; Beauchamp, J. L. J. Am. Chem. Soc.
005, 127, 12436–12437.
32) Chu, I. K.; Rodriguez, C. F.; Rodriguez, F.; Hopkinson, A. C.;
Siu, K. W. M. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2001, 12, 1114–1119.
33) Barlow, C. K.; Moran, D.; Radom, L.; McFadyen, W. D.;
O’Hair, R. A. J. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 8304–8315.
34) Kalcic, C. L.; Gunaratne, T. C.; Jonest, A. D.; Dantus, M.; Reid,
G. E. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 940–942.
35) O’Connor, P. B.; Lin, C.; Cournoyer, J. J.; Pittman, J. L.;
Belyayev, M.; Budnik, B. A. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2006, 17, 576–585.
(61) Haselmann, K. F.; Budnik, B. A.; Kjeldsen, F.; Polfer, N. C.;
Zubarev, R. A. Eur. J. Mass Spectrom. 2002, 8, 461–469.
(62) Rauk, A.; Yu, D.; Armstrong, D. A. J. Am. Chem. Soc. 1998,
120, 8848–8855.
(
(
(63) Li, X. J.; Lin, C.; O’Connor, P. B. Anal. Chem. 2010, 82, 3606.
(64) Savitski, M. M.; Kjeldsen, F.; Nielsen, M. L.; Zubarev, R. A.
Angew. Chem., Int. Ed. 2006, 45, 5301–5303.
(
(
1
(
(
2
(
(
(
(
7
006
dx.doi.org/10.1021/ja1096804 |J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 6997–7006