The 2′-caged-tethered-siRNA shows light-dependent temporal controlled RNAi activity for GFP gene into HEK293T cells

DOI: 10.1016/j.bmc.2020.115932

Source and publish data:

Bioorganic and Medicinal Chemistry (2021)

Update date:2022-08-11

Topics:

Authors:

Bollu, Amarnath

Hassan, Md. Khurshidul

Dixit, Manjusha

Sharma, Nagendra K.

Read Full Text PDF DownLoad Join now for total 90,000,000 free articles

Article abstract of DOI:10.1016/j.bmc.2020.115932

Small interfering RNA (siRNA) exhibits gene-specific RNAi activity by the formation of RISC complex with mRNA of gene. The structural modification of siRNA at appropriate positions affects the structure of RISC complex and then RNAi activity. The modified siRNA are mostly prepared from the incorporation of sugar ring modified, and nucleobase modified RNA nucleotides. It is learned that the introduction of the sterically hindered nucleoside at the specific position of siRNA, severely affects siRNA-RISC complex formation. This report describes the syntheses of bulkier siRNA from 2′-caged-tethered-siRNAs, containing bulkier photolabile protecting group (o-nitrobenzyl) at 2′-position of ribose nucleoside. Importantly, these 2′-caged-siRNAs exhibit the light-dependent RNA interference (RNAi) activity into HEK293T cells for the GFP gene expression. The 2′-caged-siRNAs are synthesized by caging the sense and antisense strand of siRNA. The biochemical evaluations of these caged-siRNAs show that antisense-strand caged-siRNAs decrease RNAi activity temporarily in dark while enhancing RNAi activity, almost like control, after exposure withUV- light. However, 2′-caged sense strand siRNA increase RNAi activity temporarily while decreasing RNAi activity after exposure with light. These caged-siRNAs are also stable in the serum (fetal bovine serum) as like native siRNA. Hence these results strongly support that 2′-caged-tethered-siRNAs are promising analogues to control RNAi activity by UV-light.

Full text of DOI:10.1016/j.bmc.2020.115932

Journal Pre-proofs

The 2’-caged-tethered-siRNA Shows Light-Dependent Temporal Controlled

RNAi activity for GFP gene into HEK293T cells

Amarnath Bollu, Md. Khurshidul Hassan, Manjusha Dixit, Nagendra K

Sharma

PII:

S0968-0896(20)30762-8

https://doi.org/10.1016/j.bmc.2020.115932

BMC 115932

DOI:

Reference:

To appear in:

Bioorganic & Medicinal Chemistry

Received Date:

Revised Date:

Accepted Date:

21 September 2020

30 November 2020

2 December 2020

Please cite this article as: A. Bollu, Md. Khurshidul Hassan, M. Dixit, N.K. Sharma, The 2’-caged-tethered-

siRNA Shows Light-Dependent Temporal Controlled RNAi activity for GFP gene into HEK293T cells,

Bioorganic & Medicinal Chemistry (2020), doi: https://doi.org/10.1016/j.bmc.2020.115932

This is a PDF file of an article that has undergone enhancements after acceptance, such as the addition of a cover

page and metadata, and formatting for readability, but it is not yet the definitive version of record. This version

will undergo additional copyediting, typesetting and review before it is published in its final form, but we are

providing this version to give early visibility of the article. Please note that, during the production process, errors

may be discovered which could affect the content, and all legal disclaimers that apply to the journal pertain.

Aliquam faucibus maximus augue vitae molestie. Vivamus a odio ullamcorper, hendrerit nisi a, condimentum lectus.

Phasellus elementum, mauris id consequat fermentum, lorem lectus vehicula elit, in tempor nunc libero et nisl. Interdum et

malesuada fames ac ante ipsum primis in faucibus. Praesent ac nibh libero. Nunc tristique ac erat vitae scelerisque. Donec

ultricies suscipit enim, molestie convallis dui iaculis sed.

Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit. Aliquam tempor aliquet risus, nec auctor ante ultrices vel. Nam

rutrum justo quis magna ornare, non lobortis purus faucibus. In hac habitasse platea dictumst. Vivamus imperdiet est vel

massa fringilla fringilla. Curabitur eros nulla, ornare quis sollicitudin ac, accumsan in tellus. Mauris tempus efficitur mi et

scelerisque. Duis diam arcu, facilisis vel eleifend vitae, congue eu nulla

Vestibulum metus tellus, lobortis non dictum ac, dignissim at mauris. Ut ornare, diam quis fermentum finibus, eros lacus

tristique orci, ut molestie lectus justo ut odio. Vivamus egestas enim turpis. Aenean tempor malesuada odio non ornare.

Suspendisse scelerisque leo urna, convallis tristique ligula commodo vel. Quisque lectus augue, interdum at viverra vitae,

bibendum nec leo. Duis id rhoncus felis

Proin eget ante in diam maximus semper. Morbi tristique faucibus mattis. Ut sit amet tortor iaculis, mollis erat at, tincidunt

justo. Nunc et efficitur eros, et pulvinar est. Donec urna risus, lacinia sollicitudin dui faucibus, aliquet eleifend nunc. Nunc

mollis arcu vitae odio bibendum, ac vestibulum lorem pharetra. Morbi porta enim ornare, consequat ligula id, elementum

eros. Proin lacinia dapibus sollicitudin.

Quisque et risus posuere, hendrerit libero in, vulputate massa. Vestibulum accumsan felis a odio rhoncus consequat. Morbi

consectetur eu ante sit amet molestie. Integer eu massa eget orci placerat volutpat vitae non nulla. Maecenas dapibus lacus

vitae vehicula tristique. Morbi a venenatis nisi. Ut imperdiet felis non neque feugiat consectetur nec id nisi. Cras ut

elementum nulla. Maecenas et posuere diam.

BIOORGANIC & MEDICINAL CHEMISTRY, Journal Pre-proof, 115932. doi:10.1016/j.bmc.2020.115932

Curabitur varius est id magna facilisis, in suscipit tellus auctor. Donec suscipit sed ligula id condimentum. Cras ultrices

nisl non nisl interdum, at tincidunt ante tempor. Sed vitae elit quam. Mauris eget vehicula ligula, id sollicitudin ante.

Nullam semper venenatis sollicitudin. Etiam sem enim, rhoncus at lobortis vel, mattis et mauris. Ut posuere nisi ac lacus

pulvinar mollis.

Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit. Ut vulputate augue eget odio placerat, in consectetur orci tincidunt.

In hac habitasse platea dictumst. Aliquam efficitur metus ligula, sit amet vehicula ligula rutrum ut. Duis mollis nibh

fringilla lacus maximus, vitae lobortis metus volutpat. Suspendisse ut sapien erat. Pellentesque commodo nulla vitae

facilisis dignissim. Vivamus at orci mi. Donec tristique rhoncus elit ac dapibus.

Vestibulum metus tellus, lobortis non dictum ac, dignissim at mauris. Ut ornare, diam quis fermentum finibus, eros lacus

tristique orci, ut molestie lectus justo ut odio. Vivamus egestas enim turpis. Aenean tempor malesuada odio non ornare.

Suspendisse scelerisque leo urna, convallis tristique ligula commodo vel. Quisque lectus augue, interdum at viverra vitae,

bibendum nec leo. Duis id rhoncus felis

Curabitur varius est id magna facilisis, in suscipit tellus auctor. Donec suscipit sed ligula id condimentum. Cras ultrices

nisl non nisl interdum, at tincidunt ante tempor. Sed vitae elit quam. Mauris eget vehicula ligula, id sollicitudin ante.

Nullam semper venenatis sollicitudin. Etiam sem enim, rhoncus at lobortis vel, mattis et mauris. Ut posuere nisi ac lacus

pulvinar mollis.

Etiam venenatis non libero at lacinia. Sed vitae lacinia justo. Vestibulum rutrum porta lacus, nec vestibulum enim fringilla

id. Curabitur nunc risus, egestas vel nunc in, vestibulum scelerisque enim. Cras aliquet euismod magna. Maecenas viverra

neque quam, vitae fringilla augue dignissim sed. Phasellus nisl sapien, iaculis sed lobortis vitae, tristique tincidunt neque.

Aliquam ac blandit risus.

BIOORGANIC & MEDICINAL CHEMISTRY, Journal Pre-proof, 115932. doi:10.1016/j.bmc.2020.115932

Etiam venenatis non libero at lacinia. Sed vitae lacinia justo. Vestibulum rutrum porta lacus, nec vestibulum enim fringilla

id. Curabitur nunc risus, egestas vel nunc in, vestibulum scelerisque enim. Cras aliquet euismod magna. Maecenas viverra

neque quam, vitae fringilla augue dignissim sed. Phasellus nisl sapien, iaculis sed lobortis vitae, tristique tincidunt neque.

Aliquam ac blandit risus.

Morbi ac scelerisque magna. Integer imperdiet ligula sit amet est vestibulum dapibus. Sed facilisis et tellus sed dictum.

Quisque non maximus augue. Etiam euismod semper diam, interdum ultrices velit. Vivamus nulla enim, convallis vel leo

sit amet, efficitur maximus est. Nullam eu lacinia metus, a hendrerit mauris. Sed eu pulvinar lorem. Sed augue leo, facilisis

at eros quis, convallis sagittis ex. Donec ut tempor lectus, eu cursus est. Vivamus

Quisque et risus posuere, hendrerit libero in, vulputate massa. Vestibulum accumsan felis a odio rhoncus consequat. Morbi

consectetur eu ante sit amet molestie. Integer eu massa eget orci placerat volutpat vitae non nulla. Maecenas dapibus lacus

vitae vehicula tristique. Morbi a venenatis nisi. Ut imperdiet felis non neque feugiat consectetur nec id nisi. Cras ut

elementum nulla. Maecenas et posuere diam.

Sed ut perspiciatis unde omnis iste natus error sit voluptatem accusantium doloremque laudantium, totam rem aperiam,

eaque ipsa quae ab illo inventore veritatis et quasi architecto beatae vitae dicta sunt explicabo. Nemo enim ipsam

voluptatem quia voluptas sit aspernatur aut odit aut fugit, sed quia consequuntur magni dolores eos qui ratione voluptatem

sequi nesciunt. Neque porro quisquam est, qui dolorem ipsum quia dolor sit amet, consectetur

Morbi ac scelerisque magna. Integer imperdiet ligula sit amet est vestibulum dapibus. Sed facilisis et tellus sed dictum.

Quisque non maximus augue. Etiam euismod semper diam, interdum ultrices velit. Vivamus nulla enim, convallis vel leo

sit amet, efficitur maximus est. Nullam eu lacinia metus, a hendrerit mauris. Sed eu pulvinar lorem. Sed augue leo, facilisis

at eros quis, convallis sagittis ex. Donec ut tempor lectus, eu cursus est. Vivamus

BIOORGANIC & MEDICINAL CHEMISTRY, Journal Pre-proof, 115932. doi:10.1016/j.bmc.2020.115932

Pellentesque rhoncus tempor nisl, at porttitor ipsum suscipit quis. Proin mattis, urna id ultricies volutpat, augue dui

scelerisque purus, et tristique libero justo sed quam. Class aptent taciti sociosqu ad litora torquent per conubia nostra, per

inceptos himenaeos. Pellentesque habitant morbi tristique senectus et netus et malesuada fames ac turpis egestas.

Vestibulum ipsum arcu, cursus nec commodo eget, egestas vel dui. Donec vulputate nec orci

Sed luctus aliquet ligula. Sed gravida fringilla quam ac fermentum. Duis molestie maximus ultrices. Ut non sodales orci.

Morbi facilisis mattis ex, sollicitudin feugiat augue malesuada sit amet. Praesent ornare ligula ut est mollis, sit amet

sagittis urna faucibus. Vestibulum ante ipsum primis in faucibus orci luctus et ultrices posuere cubilia curae; Donec laoreet,

massa sit amet condimentum volutpat, odio lorem tempus dui, sit amet aliquet felis sem id lectus.

Donec pretium egestas tellus ac rutrum. Vivamus cursus malesuada ipsum. Proin ornare eleifend eros at ornare. Duis

semper convallis nunc ut dignissim. Praesent nec nulla sit amet libero dignissim elementum at id velit. Vestibulum tempor

mollis porttitor. Cras viverra quam a ex efficitur, ac laoreet libero pulvinar. Etiam condimentum suscipit odio sed laoreet.

Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit. Phasellus ac tellus tempus,

Vestibulum metus tellus, lobortis non dictum ac, dignissim at mauris. Ut ornare, diam quis fermentum finibus, eros lacus

tristique orci, ut molestie lectus justo ut odio. Vivamus egestas enim turpis. Aenean tempor malesuada odio non ornare.

Suspendisse scelerisque leo urna, convallis tristique ligula commodo vel. Quisque lectus augue, interdum at viverra vitae,

bibendum nec leo. Duis id rhoncus felis

Sed dignissim placerat enim et aliquet. Aenean consectetur interdum massa at cursus. Maecenas aliquam, tortor a eleifend

aliquam, tellus orci fringilla arcu, id dictum lacus risus id nunc. Curabitur quis dolor a ex cursus iaculis. Nulla bibendum

hendrerit orci, nec aliquam ipsum mollis nec. Vestibulum aliquet, urna nec ullamcorper gravida, tortor est porta leo, ut

aliquet mi enim non turpis. Vestibulum ante ipsum primis in faucibus orci luctus

BIOORGANIC & MEDICINAL CHEMISTRY, Journal Pre-proof, 115932. doi:10.1016/j.bmc.2020.115932

Curabitur varius est id magna facilisis, in suscipit tellus auctor. Donec suscipit sed ligula id condimentum. Cras ultrices

nisl non nisl interdum, at tincidunt ante tempor. Sed vitae elit quam. Mauris eget vehicula ligula, id sollicitudin ante.

Nullam semper venenatis sollicitudin. Etiam sem enim, rhoncus at lobortis vel, mattis et mauris. Ut posuere nisi ac lacus

pulvinar mollis.

Proin eget ante in diam maximus semper. Morbi tristique faucibus mattis. Ut sit amet tortor iaculis, mollis erat at, tincidunt

justo. Nunc et efficitur eros, et pulvinar est. Donec urna risus, lacinia sollicitudin dui faucibus, aliquet eleifend nunc. Nunc

mollis arcu vitae odio bibendum, ac vestibulum lorem pharetra. Morbi porta enim ornare, consequat ligula id, elementum

eros. Proin lacinia dapibus sollicitudin.

Etiam dapibus tincidunt pulvinar. Cras lorem felis, mattis sodales congue sed, semper eu lorem. Lorem ipsum dolor sit

amet, consectetur adipiscing elit. Proin faucibus est dictum, pulvinar dui vitae, elementum leo. Maecenas elementum

consequat nisl ut feugiat. Morbi dignissim ex vitae malesuada imperdiet. In blandit, arcu at finibus egestas, neque nisi

egestas diam, et fringilla orci est ut ligula. Pellentesque habitant morbi tristique senectus et

Maecenas sodales semper euismod. Nam non suscipit enim. Donec id lorem at est suscipit posuere. Etiam tincidunt nisi

eget leo faucibus porta. Sed congue magna in dignissim tristique. Morbi sodales, enim quis scelerisque congue, risus nisi

venenatis dolor, ut finibus magna augue vel elit. Integer nec mauris nec ligula elementum dictum. Nullam semper luctus

justo, eget tincidunt metus eleifend id. Nunc semper non leo et eleifend