exceed 0.0 and 2.0 in the units of van der Waals radii (vdW),
respectively. In addition, the Coulomb interaction approximation
(dimmer-es) was applied for the fragment pair calculations in two
fragments with separations exceeding 2.0 in the same vdW unit.
The fragmentation of the system was as follows: each amino acid
residue of EGFR, the inhibitor molecule, and the water molecule
were treated as a single fragment. All the FMO calculations
were performed with the ABINIT-MP program (available at
http://www.ciss.iis.u-tokyo.ac.jp/rss21/).
15 H. R. Tsou, N. Mamuya, B. D. Johnson, M. F. Reich, B. C. Gruber, F.
Ye, R. Nilakantan, R. Shen, C. Discafani, R. DeBlanc, R. Davis, F. E.
Koehn, L. M. Greenberger, Y. F. Wang and A. Wissner, J. Med. Chem.,
2001, 44, 2719.
16 C. J. Torrance, P. E. Jackson, E. Montgomery, K. W. Kinzler, B.
Vogelstein, A. Wissner, M. Nunes, P. Frost and C. M. Discafani, Nat.
Med., 2000, 6, 1024.
17 A. Wissner, D. M. Berger, D. H. Boschelli, M. B. Floyd, Jr., L. M.
Greenberger, B. C. Gruber, B. D. Johnson, N. Mamuya, R. Nilakantan,
M. F. Reich, R. Shen, H. R. Tsou, E. Upeslacis, Y. F. Wang, B. Wu, F.
Ye and N. Zhang, J. Med. Chem., 2000, 43, 3244.
18 S. K. Rabindran, C. M. Discafani, E. C. Rosfjord, M. Baxter, M. B.
Floyd, J. Golas, W. A. Hallett, B. D. Johnson, R. Nilakantan, E.
Overbeek, M. F. Reich, R. Shen, X. Shi, H. R. Tsou, Y. F. Wang
and A. Wissner, Cancer Res., 2004, 64, 3958.
Acknowledgements
19 J. M. Nelson and D. W. Fry, J. Biol. Chem., 2001, 276, 14842.
20 J. B. Smaill, G. W. Rewcastle, J. A. Loo, K. D. Greis, O. H. Chan, E. L.
Reyner, E. Lipka, H. D. Showalter, P. W. Vincent, W. L. Elliott and
W. A. Denny, J. Med. Chem., 2000, 43, 3199.
21 J. A. Blair, D. Rauh, C. Kung, C. H. Yun, Q. W. Fan, H. Rode, C.
Zhang, M. J. Eck, W. A. Weiss and K. M. Shokat, Nat. Chem. Biol.,
2007, 3, 229.
22 J. Stamos, M. X. Sliwkowski and C. Eigenbrot, J. Biol. Chem., 2002,
277, 46265.
23 M. Groll, C. R. Berkers, H. L. Ploegh and H. Ovaa, Structure, 2006,
14, 451.
24 F. A. Cotton, G. Wilkinson and P. L. Gaus, Basic Inorganic Chemistry,
We thank Prof. D. Gabel (University of Bremen) for help-
ful discussions. KF thanks Prof. Shigenori Tanaka, Prof. Yuji
Mochizuki and Dr. Tatsuya Nakano for discussions on quantum
mechanical calculations. This work was supported by a Grant-in-
Aid for Science Research (B) (No. 18350090) from the Ministry
of Education, Culture, Sports, Science and Technology and the
“Core Research for Evolutional Science and Technology” project
of the Japan Science and Technology Agency (JST-CREST).
Provision of computational resources from the “Revolutionary
Simulation Software (RSS21)” project supported by the Ministry
of Education, Culture, Sports, Science, and Technology (MEXT),
Japan is gratefully acknowledged.
Wiley, New York, 1987, p. 7.
25 P. R. Rablen, J. Am. Chem. Soc., 1997, 119, 8350.
26 F. A. Cotton, G. Wilkinson and P. L. Gaus, Basic Inorganic Chemistry,
Wiley, New York, 1987, p. 257.
27 A. F. Kisselev and A. L. Goldberg, Chem. Biol., 2001, 8, 739.
28 K. Raha, M. B. Peters, B. Wang, N. Yu, A. M. Wollacott, L. M.
Westerhoff and K. M. Merz, Jr., Drug Discovery Today, 2007, 12, 725.
29 F. Maseras and K. Morokuma, J. Comput. Chem., 1995, 16, 1170.
30 T. Vreven, K. S. Byun, I. Komaromi, S. Dapprich, Montgomery, A.
John, K. Morokuma and M. J. Frisch, J. Chem. Theory Comput., 2006,
2, 815.
31 K. Kitaura, T. Sawai, T. Asada, T. Nakano and M. Uebayasi, Chem.
Phys. Lett., 1999, 312, 319.
32 K. Kitaura, E. Ikeo, T. Asada, T. Nakano and M. Uebayasi, Chem.
Phys. Lett., 1999, 313, 701.
33 T. Nakano, T. Kaminuma, T. Sato, Y. Akiyama, M. Uebayasi and K.
Kitaura, Chem. Phys. Lett., 2000, 318, 614.
34 T. Nakano, T. Kaminuma, T. Sato, K. Fukuzawa, Y. Akiyama, M.
Uebayasi and K. Kitaura, Chem. Phys. Lett., 2002, 351, 475.
35 K. Fukuzawa, K. Kitaura, M. Uebayasi, K. Nakata, T. Kaminuma and
T. Nakano, J. Comput. Chem., 2005, 26, 1.
36 K. Fukuzawa, Y. Mochizuki, S. Tanaka, K. Kitaura and T. Nakano,
J. Phys. Chem. B, 2006, 110, 16102.
37 J. A. Grosso, D. E. Nichols, J. D. Kohli and D. Glock, J. Med. Chem.,
1982, 25, 703.
38 A. J. Bridges, H. Zhou, D. R. Cody, G. W. Rewcastle, A. McMichael,
H. D. Showalter, D. W. Fry, A. J. Kraker and W. A. Denny, J. Med.
Chem., 1996, 39, 267.
39 T. J. Michnick and D. S. Matteson, Synlett, 1991, 631.
40 G. A. Molander, C.-S. Yun, M. Ribagorda and B. Biolatto, J. Org.
Chem., 2003, 68, 5534.
41 E. G. Barbacci, L. R. Pustilnik, A. M. Rossi, E. Emerson, P. E. Miller,
B. P. Boscoe, E. D. Cox, K. K. Iwata, J. P. Jani, K. Provoncha, J. C.
Kath, Z. Liu and J. D. Moyer, Cancer Res., 2003, 63, 4450.
42 J. S. Sebolt-Leopold and J. M. English, Nature, 2006, 441, 457.
43 H. Nakamura, H. Kuroda, H. Saito, R. Suzuki, T. Yamori, K.
Maruyama and T. Haga, ChemMedChem, 2006, 1, 729.
44 S. J. Decker, C. Alexander and T. Habib, J. Biol. Chem., 1992, 267,
1104.
References
1 P. Blume-Jensen and T. Hunter, Nature, 2001, 411, 355.
2 M. Dowsett, T. Cooke, I. Ellis, W. J. Gullick, B. Gusterson, E. Mallon
and R. Walker, Eur. J. Cancer, 2000, 36, 170.
3 H. Kim and W. J. Muller, Exp. Cell Res., 1999, 253, 78.
4 D. W. Fry, A. J. Kraker, A. McMichael, L. A. Ambroso, J. M. Nelson,
W. R. Leopold, R. W. Connors and A. J. Bridges, Science, 1994, 265,
1093.
5 A. E. Wakeling, S. P. Guy, J. R. Woodburn, S. E. Ashton, B. J. Curry,
A. J. Barker and K. H. Gibson, Cancer Res., 2002, 62, 5749.
6 M. Fukuoka, S. Yano, G. Giaccone, T. Tamura, K. Nakagawa, J. Y.
Douillard, Y. Nishiwaki, J. Vansteenkiste, S. Kudoh, D. Rischin, R.
Eek, T. Horai, K. Noda, I. Takata, E. Smit, S. Averbuch, A. Macleod,
A. Feyereislova, R. P. Dong and J. Baselga, J. Clin. Oncol., 2003, 21,
2237.
7 J. D. Moyer, E. G. Barbacci, K. K. Iwata, L. Arnold, B. Boman, A.
Cunningham, C. DiOrio, J. Doty, M. J. Morin, M. P. Moyer, M. Neveu,
V. A. Pollack, L. R. Pustilnik, M. M. Reynolds, D. Sloan, A. Theleman
and P. Miller, Cancer Res., 1997, 57, 4838.
8 F. A. Shepherd, J. Rodrigues Pereira, T. Ciuleanu, E. H. Tan, V. Hirsh, S.
Thongprasert, D. Campos, S. Maoleekoonpiroj, M. Smylie, R. Martins,
M. van Kooten, M. Dediu, B. Findlay, D. Tu, D. Johnston, A. Bezjak,
G. Clark, P. Santabarbara and L. Seymour, N. Engl. J. Med., 2005, 353,
123.
9 M. H. Nelson and C. R. Dolder, Ann. Pharmacother., 2006, 40, 261.
10 W. Xia, R. J. Mullin, B. R. Keith, L. H. Liu, H. Ma, D. W. Rusnak, G.
Owens, K. J. Alligood and N. L. Spector, Oncogene, 2002, 21, 6255.
11 J. A. Engelman and P. A. Janne, Clin. Cancer Res., 2008, 14, 2895.
12 E. L. Kwak, R. Sordella, D. W. Bell, N. Godin-Heymann, R. A.
Okimoto, B. W. Brannigan, P. L. Harris, D. R. Driscoll, P. Fidias,
T. J. Lynch, S. K. Rabindran, J. P. McGinnis, A. Wissner, S. V. Sharma,
K. J. Isselbacher, J. Settleman and D. A. Haber, Proc. Natl. Acad. Sci.
U. S. A., 2005, 102, 7665.
13 C. M. Discafani, M. L. Carroll, M. B. Floyd, Jr., I. J. Hollander, Z.
Husain, B. D. Johnson, D. Kitchen, M. K. May, M. S. Malo, A. A.
Minnick, Jr., R. Nilakantan, R. Shen, Y. F. Wang, A. Wissner and
L. M. Greenberger, Biochem. Pharmacol., 1999, 57, 917.
14 D. W. Fry, A. J. Bridges, W. A. Denny, A. Doherty, K. D. Greis, J. L.
Hicks, K. E. Hook, P. R. Keller, W. R. Leopold, J. A. Loo, D. J.
McNamara, J. M. Nelson, V. Sherwood, J. B. Smaill, S. Trumpp-
Kallmeyer and E. M. Dobrusin, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 1998,
95, 12022.
45 J. Singh, E. M. Dobrusin, D. W. Fry, T. Haske, A. Whitty and D. J.
McNamara, J. Med. Chem., 1997, 40, 1130.
46 M. J. T. Frisch, , H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R.
Cheeseman, J. A. Montgomery, Jr., T. Vreven, K. N. Kudin, J. C.
Burant, J. M. Millam, S. S. Iyengar, J. Tomasi, V. Barone, B. Mennucci,
M. Cossi, G. Scalmani, N. Rega, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M.
Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T.
Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, M. Klene, X. Li, J. E.
Knox, H. P. Hratchian, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo,
4426 | Org. Biomol. Chem., 2009, 7, 4415–4427
This journal is
The Royal Society of Chemistry 2009
©