VETTORAZZI ET AL.
| 13
upon binding, respectively. ΔEMM includes ΔEinternal (bond, angle, and
dihedral energies), ΔEelectrostatic (electrostatic), and ΔEvdw (van der
Waals) energies. ΔGsolv is the sum of electrostatic solvation energy
[15] Z. Wang, X. Min, S.-H. Xiao, S. Johnstone, W. Romanow, D. Meininger,
H. Xu, J. Liu, J. Dai, S. An, S. Thibault, N. Walker, Structure 2013, 21(5),
7
98.
[
16] M. E. Schnute, M. D. McReynolds, T. Kasten, M. Yates, G. Jerome,
J. W. Rains, T. Hall, J. Chrencik, M. Kraus, C. N. Cronin, M. Saabye, M.
Highkin, R. Broadus, S. Ogawa, K. Cukyne, L. Zawadzke, V. Peterkin, K.
Iyanar, J. Scholten, J. Wendling, H. Fujiwara, O. Nemirovskiy, A.
Wittwer, M. Nagiec, Biochem. J. 2012, 444(1), 79.
(
polar contribution), ΔGPB, and the non-electrostatic solvation
component (nonpolar contribution), ΔGSA. Polar contribution is
calculated using the PB model, while the nonpolar energy is estimated
by solvent accessible surface area.
[
17] V. Brinkmann, A. Billich, T. Baumruker, P. Heining, R. Schmouder, G.
Francis, S. Aradhye, P. Burtin, Nat. Rev. Drug Discov. 2010, 9(11),
8
83.
ACKNOWLEDGMENTS
[
18] S. Panneer Selvam, R. M. De Palma, J. J. Oaks, N. Oleinik,
Y. K. Peterson, R. V Stahelin, E. Skordalakes, S. Ponnusamy, E.
Garrett-Mayer, C. D. Smith, B. Ogretmen, Sci. Signal. 2015, 8(381),
ra58.
Grants from Universidad Nacional de San Luis (UNSL-Argentina) and
Colombian Institute for Science and Research (Grant No.
1
10265842651) partially supported this work. Marcela Vettorazzi
[19] G. M. Strub, M. Paillard, J. Liang, L. Gomez, J. C. Allegood, N. C. Hait,
M. Maceyka, M. M. Price, Q. Chen, D. C. Simpson, T. Kordula, S.
Milstien, E. Lesnefsky, S. Spiegel, FASEB J. 2011, 25(2), 600.
thanksa doctoral fellowshipofCONICET-Argentina. Thisstudywasalso
partially supported by the Slovak Research and Development Agency
[
[
[
[
[
[
20] E. T. Samy, C. A. Meyer, P. Caplazi, C. L. Langrish, J. M. Lora, H.
(
Grant No. APVV-0516-12) and by SANOFI-AVENTIS Pharma Slovakia.
Bluethmann, S. L. Peng, J. Immunol. 2007, 179(9), 5644.
This work was also supported by grants SAF2014-57845R and
SAF2017-89714-R, and the CP15/00150 from the Spanish Ministry
ofEconomy and Competiveness, the CarlosIII InstituteofHealth(ISCIII),
andtheEuropean Regional Development Fund. Pre-doctoral grants: PM
21] J. Yang, C. Yang, S. Zhang, Z. Mei, M. Shi, S. Sun, L. Shi, Z. Wang, Y.
Wang, Z. Li, C. Xie, Cancer Biol. Ther. 2015, 16(8), 1194.
22] K. G. Lim, C. Sun, R. Bittman, N. J. Pyne, S. Pyne, Cell. Signal. 2011,
2
3(10), 1590.
23] K. Liu, T. L. Guo, N. C. Hait, J. Allegood, H. I. Parikh, W. Xu, G. E.
Kellogg, S. Grant, S. Spiegel, S. Zhang, PLoS ONE 2013, 8(2), e56471.
24] Y. Kharel, E. A. Morris, M. D. Congdon, S. B. Thorpe, J. L. Tomsig, W. L.
Santos, K. R. Lynch, J. Pharmacol. Exp. Ther. 2015, 355(1), 23.
25] M. Vettorazzi, E. Angelina, S. Lima, T. Gonec, J. Otevrel, P. Marvanova,
T. Padrtova, P. Mokry, P. Bobal, L. M. Acosta, L. Acosta, A. Palma, J.
Cobo, J. Bobalova, J. Csollei, I. Malik, S. Alvarez, S. Spiegel, J. Jampilek,
R. Enriz, Eur. J. Med. Chem. 2017, 139, 461.
(
FPI) from the Spanish Ministry of Innovation and Competitiveness.
CONFLICT OF INTEREST
The authors have declared no conflict of interest.
[
[
[
[
26] L. Stanzel, I. Malík, P. Mokrý, Dhaka Univ. J. Pharm. Sci. 2016, 15(2), 235.
27] S. Lima, S. Milstien, S. Spiegel, J. Lipid Res. 2014, 55(7), 1525.
28] A. Sali, T. L. Blundell, J. Mol. Biol. 1993, 234(3), 779.
ORCID
Ricardo D. Enriz
29] J. Wang, S. Knapp, N. J. Pyne, S. Pyne, J. M. Elkins, ACS Med. Chem.
Lett. 2014, 5(12), 1329.
[
30] D. J. Gustin, Y. Li, M. L. Brown, X. Min, M. J. Schmitt, M. Wanska, X.
Wang, R. Connors, S. Johnstone, M. Cardozo, A. Cheng, S. Jeffries, B.
Franks, S. Li, S. Shen, M. Wong, H. Wesche, G. Xu, T. Carlson, M. Plant,
K. Morgenstern, K. Rex, J. Schmitt, A. Coxon, N. Walker, F. Kayser, Z.
Wang, Bioorg. Med. Chem. Lett. 2013, 23(16), 4608.
REFERENCES
[
1] H. Liu, M. Sugiura, V. E. Nava, L. C. Edsall, K. Kono, S. Poulton,
S. Milstien, T. Kohama, S. Spiegel, J. Biol. Chem. 2000, 275(26), 19513.
2] T. Kohama, A. Olivera, L. Edsall, M. M. Nagiec, R. Dickson, S. Spiegel,
J. Biol. Chem. 1998, 273, 23722.
[
[31] G. M. Morris, R. Huey, W. Lindstrom, M. F. Sanner, R. K. Belew, D. S.
Goodsell, A. J. Olson, J. Comput. Chem. 2009, 30(16), 2785.
[32] D. A. Case, V. Babin, J. T. Berryman, R. M. Betz, Q. Cai, D. S. Cerutti,
T. E. Cheatham, T. A. Darden, R. E. Duke, H. Gohlke, A. W. Goetz, S.
Gusarov, N. Homeyer, P. Janowski, J. Kaus, I. Kolossváry, A.
Kovalenko, T. S. Lee, S. LeGrand, T. Luchko, R. Luo, B. Madej, K. M.
Merz, F. Paesani, D. R. Roe, A. Roitberg, C. Sagui, R. Salomon-Ferrer,
G. Seabra, C. L. Simmerling, W. Smith, J. Swails, R. C. Walker, J. Wang,
R. M. Wolf, X. Wu, P. A. Kollman, {Amber 14} OR − University of
California, San Francisco 2014.
[
[
[
3] N. C. Hait, A. Maiti, Mediators Inflamm. 2017, 2017, 4806541.
4] S. Spiegel, S. Milstien, Nat. Rev. Immunol. 2011, 11, 403.
5] J. Tsuchida, M. Nagahashi, K. Takabe, T. Wakai, Mediators Inflamm.
2
017, 2017, 2076239.
[
6] S. Mohammed, K. B. Harikumar, Front. Immunol. 2017, 8, 296.
7] T. Rohrbach, M. Maceyka, S. Spiegel, Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol.
[
2
017, 52(5), 543.
8] K. Takabe, S. W. Paugh, S. Milstien, S. Spiegel, Pharmacol. Rev. 2008,
0(2), 181.
[
[
6
[33] S. Gómez Ayala, E. Stashenko, A. Palma, A. Bahsas, J. Amaro-Luis,
Synlett 2006, 14, 2275.
9] N. C. Hait, J. Allegood, M. Maceyka, G. M. Strub, K. B. Harikumar, S. K.
Singh, C. Luo, R. Marmorstein, T. Kordula, S. Milstien, S. Spiegel,
Science 2009, 325(5945), 1254.
[34] J. Tengler, I. Kapustíková, M. Peško, R. Govender, S. Keltošová,
P. Mokrý, P. Kollár, J. ÓMahony, A. Coffey, K. Kráľová, J. Jampílek, Sci.
World J. 2013, 2013, 274570.
[
[
[
10] D. Siow, B. Wattenberg, Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 2011, 46(5), 365.
11] A. S. Don, H. Rosen, Biochem. Biophys. Res. Commun. 2009, 380(1), 87.
12] D. Shida, K. Takabe, D. Kapitonov, S. Milstien, S. Spiegel, Curr. Drug
Targets 2008, 9, 662.
[35] D. Plano, S. G. Amin, A. Sharma, J. Med. Chem. 2014, 57, 5509.
[36] U. Landmesser, B. Hornig, H. Drexler, Circulation 2004, 109(21 Suppl
1), II27.
[
13] P. Bouquerel, C. Gstalder, D. Müller, J. Laurent, L. Brizuela, R. A.
Sabbadini, B. Malavaud, S. Pyronnet, Y. Martineau, I. Ader, O.
Cuvillier, Oncogenesis 2016, 5, e209.
[37] E. C. Butcher, Cell 1991, 67(6), 1033.
[38] C. Rius, C. Company, L. Piqueras, J. M. Cerda-Nicolas, C. Gonzalez, E.
Servera, A. Ludwig, E. J. Morcillo, M.J. Sanz, Thorax 2013, 68(2), 177.
[39] M. Iacobini, A. Menichelli, G. Palumbo, G. Multari, B. Werner, D. Del
Principe, Biochem. Pharmacol. 2001, 61(8), 1033.
[
14] S. S. L. Tan, L. W. Khin, L. Wong, B. Yan, C. W. Ong, A. Datta, M. Salto-
Tellez, Y. Lam, C. T. Yap, Clin. Transl. Gastroenterol. 2014, 5, e51.